Trường THCS Thạch Khôi được thành lập từ năm 1991, tách từ trường Phổ thông cơ sở Thạch Khôi - phường Thạch Khôi. Trải qua hơn ba mươi năm xây dựng và phát triển, quy mô trường lớp ngày càng phát triển. Bằng sự nỗ lực, không ngại khó, ngại khổ, tập thể cán bộ, giáo viên, nhân viên nhà trường đã vượt qua mọi khó khăn, xây dựng nhà trường thành một khối đoàn kết nội bộ, sáng tạo trong mọi hoạt động, hoàn thành tốt nhiệm vụ từng năm học. Nhà trường đã tạo được uy tín, niềm tin với các cấp uỷ Đảng, chính quyền và nhân dân địa phương. Bộ mặt nhà trường như được thay da đổi thịt, cơ sở vật chất ngày càng được củng cố và tăng cường theo tiêu chuẩn trường chuẩn Quốc gia.